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期刊社下设一个综合办公室和三个编辑部。三个编辑部分别是"学报哲社版编辑部""学报自科版编辑部"和"民族教育研究编辑部"，分别负责《江南网页版登录入口官网学报（哲学社会科学）》、《江南网页版登录入口官网学报（自然科学版）》和《民族教育研究》三种期刊的编辑工作。